A Fundep foi criada em 1975 para apoiar as atividades de ensino, pesquisa, extensão da Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG). Como uma das suas finalidades é cooperar com outras organizações da sociedade, a Fundep vem se credenciando como fundação de apoio de renomadas instituições de ensino e centros de pesquisa. Em 2009, tornou-se a fundação de apoio da Universidade Federal do ABC (UFABC) e, no ano seguinte, do Instituto Tecnológico de Aeronáutica (ITA), do Instituto de Estudos Avançados da Aeronáutica (IEAv) e do Instituto de Fomento e Coordenação Industrial (IFI).