A Fundep foi criada em 1975 para apoiar as atividades de ensino, pesquisa, extensão da Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG). Como uma das suas finalidades é cooperar com outras organizações da sociedade, a Fundep vem atuando como fundação de apoio de renomadas instituições de ensino e centros de pesquisa. Em 2009, tornou-se a fundação de apoio da Universidade Federal do ABC (UFABC) e, no ano seguinte, do Instituto Tecnológico de Aeronáutica (ITA), do Instituto de Estudos Avançados da Aeronáutica (IEAv) e do Instituto de Fomento e Coordenação Industrial (IFI). Em 2012, conquistou autorização para ser uma das fundações de apoio também do Instituto Nacional de Tecnologia (INT), da Comissão Nacional de Energia Nuclear (Cnen), do Instituto de Aeronáutica e Espaço (IAE), do Instituto Nacional do Semiárido (Insa), do Observatório Nacional (ON) e do Centro de Desenvolvimento de Sistemas (CDS), instituto de pesquisa do Exército e, em 2013, do Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (Inpe).